温室环境下的土壤管理也带来了一系列挑战，其中有效地进行土壤消毒和病虫害控制。句容温室大棚内部清洁，定期清理落叶和废弃植物材料，可以减少病原体，消毒温室设备和工具，以防止病害的传播，使用滴灌或地下滴灌系统，而不是喷洒式灌溉，可以减少土壤表面湿度，降低病害的传播风险。
温室的设计和建筑可以影响土壤的状况，包括通风、排水和温度控制系统，可以有助于减少土壤病害的发生，良好的温室设计还可以提供更稳定的环境条件，有助于作物生长。生物防治需要仔细的计划和实施，以确保天敌或有益微生物能够有效地控制害虫和病害。
因为温室的结构不同，降温的时间和速度也是不同的。拱度较大的大棚，棚面拱度适宜，热气流很容易沿大棚棚膜的上部排出，即使放风口较小，也能取得较好的放风效果。种植年限较长的低矮老棚，因为大棚拱度较小，棚面较平，棚内的热气流从放风口排出的速度就慢，棚内的温度就高。
增加放风绳的密度，而且放风绳使用摩擦力较大的宽布条为好，这种布条在打活结固定棚膜时摩擦力大，活结不容易被大风吹松。很多菜农图方便使用尼龙绳作为防风绳，因为摩擦力较小，菜农要适当增加尼龙放风绳的密度，并将其固定好，以防风口被风吹合。
